洁净室在各种行业中的使用十分广泛，包括制药，微电子，半导体和医疗器械等等。 制药行业的洁净室每平方米成本较高，主要是由于采用了耐腐蚀的316不锈钢。 制药行业经常需要对洁净室进行消毒，通常采用蒸发的过氧化氢或二氧化氯来进行。 因为这两种方法都会腐蚀一些金属，所以制药行业的洁净室中，不锈钢是必需品。

洁净室需要专门的材料和系统，这也提高了它的建造成本，比如：

无尘地板通常规定为浇筑环氧树脂或氨基甲酸乙酯或带有热焊缝的PVC基板。 这些类型的地板能形成整体式的连续地板系统。

洁净室照明通常由透镜和密封夹具组成。 这些专用夹具设计用于冲洗程序，并防止空气渗出。

洁净室设备通常由更高级别的材料制成，例如不锈钢，并且需要采取其他措施保持清洁并防止渗出。 一些设备可以包含用于电力和数据的密封出口（具有生物密封件），凹入的出口标志和专用电话，对讲机和照相机。 所有这些材料都能提供易清洁的表面以及其他优点，如耐化学腐蚀性。

HEPA过滤是用于降低空气中颗粒物数量的高性能过滤器。 这些过滤器需要进行专门的清洁和更换。这可以在无尘室内进行，或在无尘室上方远程进行，或在空气处理设备上进行。

专业洁净室家具通常由不锈钢和/或高档塑料制成。

供气和排气（机械系统）是洁净室的主要成本因素。 空气处理是需要花费大的地方，但费用大小也相差很大，这取决于洁净室的ISO等级，温度控制，加压和相对湿度等要求。

总而言之，这些分类中的每一个都会导致设计和建造洁净室的费用增加。